Etter at kaffen har blitt høstet inn, må fruktkjøttet fjernes. Dette gjøres på to ulike måter. Én metode er å tørke bærene til fruktkjøttet er helt inntørket, og deretter plukke ut bønnene.
Den andre metoden kalles ”den våte metode” og går i korthet ut på at kjøttet ”vaskes” av bønnene. Etter at fruktkjøttet er vasket bort, legges bønnene i tanker hvor de ligger og gjærer. Denne prosessen gir en kjemisk forandring i bønnene som innvirker på smaken.
Alle produkter som utsettes for gjæring, gjennomgår en omfattende kjemisk prosess som i mange tilfeller har stor innvirkning både på egenskaper og kvalitet. Derfor blir bønnene som renses gjennom den våte metoden, nøye overvåket under gjæringsprosessen.
Etter at fruktkjøttet er fjernet, blir bønnene soltørket, renset og sortert.