Det kan være flere årsaker til at kaffe har en positiv innvirkning på humør og sinnsstemning. En mulig forklaring kan være det høye innholdet av antioksidanter som finnes i kaffe. Kaffe er nemlig den viktigste kilden til antioksidanter i det norske kostholdet, ifølge en norsk doktorgradsavhandling.
Dette er kjemiske stoffer som vitaminer, proteiner, enzymer og peptider. Det er stoffenes potensielle evne til å stoppe betennelsesprosesser og motvirke at reaktive stoffer ødelegger proteiner, DNA og fett, som gir den positive helse-effekten. Betennelser er en viktig årsak i utviklingen av hjerte- og karsykdommer, kreft og diabetes type 2.